Le festival met en avant la production indépendante de clips français et étrangers, sans pour autant omettre les professionnels, dont l’œuvre manifeste un intérêt artistique certain. Il est axé autour d’une sélection officielle composée d’une vingtaine de clips indépendants et une dizaine de clips professionnels. Les meilleurs d’entre eux sont récompensés par un jury de professionnel qui attribue les quatre prix suivants :
- Le Grand Prix
- Le prix de la Qualité Technique
- Le prix de l’Animation
- Le Coup de coeur du Jury
Le public a aussi son rôle à jouer puisque, par le biais d’un vote, il se verra remettre les deux prix suivants :
- « Clip d’Or », remis au meilleur clip professionnel,
- « Clip Coeur », au meilleur clip indépendant.
Les internautes votent sur le site internet www.protoclip.com et remettent également un prix :